Dizajn izložbe „Vrhovi Dubina - podvodna baština Splitsko-dalmatinske županije” osmišljen je kao prostorno i doživljajno putovanje koje posjetitelje uvodi u svijet podmorja i njegove skrivene baštine. Ulaskom u izložbeni prostor posjetitelji uranjaju u atmosferu podvodnog arheološkog nalazišta, scenografski rekonstruiranog i nadopunjenog prikazom autentičnog ronilačkog odijela, čime se uspostavlja izravan odnos s temom podvodne arheologije.

U središnjem dijelu izložbe predmeti su organizirani u vitrinama koje oblikuju „otoke”, strukturirane prema geografskim lokalitetima. Kretanje kroz prostor slijedi logiku putovanja podmorjem duž obale Splitsko-dalmatinske županije, pružajući posjetiteljima prostornu i kulturno-povijesnu orijentaciju.

Atmosferu izložbe naglašavaju rasvjeta i dominantna uporaba plavih tonova, koji stvaraju osjećaj uronjenosti u morske dubine. U završnom dijelu fokus je na novovjekovnim nalazima, dok se prijelaz u virtualni svijet podvodne arheologije ostvaruje prolaskom kroz scenografski element koji vodi u prostor posvećen digitalnoj interpretaciji sadržaja.

Ovakav prostorno-narativni pristup povezuje edukativnu funkciju izložbe s vizualnim doživljajem te omogućuje publici aktivno uključivanje u temu podvodne arheologije.